Первые сезоны (1878—1945)
Клуб был сформирован под названием Newton Heath (Lancashire & Yorkshire Railway) (сокращённо Newton Heath (L&YR)) группой рабочих-железнодорожников Манчестера в 1878 году. Затем имя было сокращено до Newton Heath, а футболисты стали называться 'the Heathens' (обитатели вересковых пустошей). В 1889 году они основали футбольный альянс, который в 1892 году вошел в состав футбольной лиги Англии.

Первым снятым на киноплёнку матчем клуба стала победа над клубом Бёрнли 6 декабря 1902 года.

В 1902 клуб обанкротился, но был спасён Джоном Дэвисом, который погасил долги и изменил имя на Manchester United, поменяв и цвета команды с зелёного и золотого на красный и белый для того, чтобы походить на футбольный клуб Ливерпуль. Под новым именем клуб выиграл чемпионат Англии в 1908 году, а 26 апреля 1909 года и кубок Англии, победив в финале команду из Бристоля. Затем в 1910 году при финансовой поддержке Дэвиса клуб переехал со старого стадиона на Бэнк стрит на новый Олд Траффорд. В 1911 году Манчестер Юнайтед снова выиграл чемпионат Англии.

Время Басби (1945—1969)
Мэтт Басби был назначен главным тренером команды в 1945 году. Дела он вёл неслыханным тогда способом, являясь менеджером и тренером одновременно. Успех пришёл к нему практически сразу: в 1948 году Манчестер Юнайтед выиграл кубок Англии.

Басби ввёл практику поиска молодых одарённых футболистов, и в 1956 году команда со средним возрастом 22 года выиграла чемпионат Англии. В следующем сезоне Манчестер Юнайтед опять выиграл чемпионат и дошёл до финала кубка, проиграв в нём клубу Астон Вилла. Манчестер Юнайтед первым из английских клубов принял участие в еврокубках, сразу же дойдя до полуфинала.

6 февраля 1958 года команда попала в авиакатастрофу, возвращаясь с еврокубковой игры, в небе над Мюнхеном. Трагедия унесла жизни восьми футболистов и пятнадцати других пассажиров. Несмотря на трагедию, клуб продолжил выступления во всех турнирах и в этом же сезоне дошел до финала кубка Англии, уступив в нем Болтону.

В начале 60-х гг. Басби перестроил команду, пригласив таких знаменитых игроков, как Денис Лоу и Пэт Креранд. Команда выиграла кубок в 1963, затем в 1965 и 1967 чемпионат Англии, а в 1968 году, первой из английских команд, Кубок Чемпионов. В той команде играли три футболиста, признававшихся лучшими в Европе по итогам года: Бобби Чарльтон, Денис Лоу и Джордж Бэст. В 1969 году на посту управляющего Басби сменил бывший игрок и тренер команды Уилф МакГиннес.

1969—1986
В конце 1972 года главным тренером стал Томми Дочерти. Дочерти, или просто 'Док', спас команду от вылета из высшего дивизиона, впрочем этого не удалось избежать в 1974 году. С первой попытки команда вернулась в высшую лигу и уже в 1976 году дошла до финала кубка Англии, где проиграла Саутгемптону. В 1977 году команда была в финале снова, на этот раз ей сопутствовала удача, и футбольный клуб Ливерпуль был повержен. Несмотря на этот успех и популярность среди болельщиков, Дочерти покинул клуб вскоре после финала, после того, как обнаружилась его связь с женой физиотерапевта.

На вакантный пост в 1977 году вступил Дэйв Секстон. Он привил команде более оборонительный стиль, вызвав недовольство среди болельщиков, предпочитающих атакующий футбол Басби и Дочерти. После ряда неудачных сезонов Секстон покинул клуб в 1981 году.

Его преемником стал Рон Аткинсон, который сразу же поставил трансфертный рекорд, подписав Брайана Робсона из клуба Вест Бромвич. В команда Аткинсона также играли такие известные футболисты как Еспер Ольсен, Гордон Страчан, Норман Вайтсайд и Марк Хьюз. Клуб выиграл кубок в 1983 и 1985 годах, и Кубок Чемпионов в сезоне 1985-86. Однаков чемпионате Англии в тот год команда заняла лишь четвёртое место. Плохая форма сохранилась и в следующем сезоне, когда команда была на грани вылета из Премьер-Лиги. После этого Аткинсон был снят с поста.

Эпоха Алекса Фергюсона (1986—по наст. время)
Алекс Фергюсон сменил Аткинсона на посту главного тренера команды и вывел ее на 11 место по результатам чемпионата Англии. Следующий сезон (1987—88), МЮ закончил вторым, а Брайан МакКлэйр стал первым после Джорджа Беста бомбардиром клуба, забившим двадцать голов в чемпионате.

Однако в сезоне 1989 года команда вновь оказалась на грани вылета из Премьер-Лиги, а Фергюсон на грани отставки. Однако победа в третьем круге кубка Англии над Ноттингэм Форрест позволила ему продолжить работу с командой, что привело к победе над Кристал Пэлас в финале.

В сезоне 1990—91 годов Манчестер Юнайтед выиграл Кубок обладателей кубков, победив в финале испанскую Барселону. Однако в в следующем году команда вылетела из розыгрыша кубка Англии на ранней стадии, проиграв клубу Лидс Юнайтед. В 1991 году клуб выпустил свои акции на Лондонскую Биржу.

Приезд в команду Эрика Кантона в ноябре 1992 года оказал хорошее влияние на результаты, и уже в сезоне 1992-93 годов Манчестер Юнайтед стал чемпионом Англии, впервые после 1967 года. Кроме того, они в следующем сезоне команда сделала дубль, выиграв как чемпионат так и кубок страны.

В сезоне 1994-95 Кантона получил восьмимесячную дисквалификацию за побои, нанесённые болельщику клуба Кристал Пэлас Мэтью Симмонсу во время игры. Сыграв вничью последний матч чемпионата и уступив в финале кубка Эвертону, команда осталась без наград. После этого Фергюсон продал часть ключевых игроков и пригласил в команду ряд молодых талантливых футболистов, включая Дэвида Бекхэма и Пола Скоулза. Новые игроки удачно влились в состав и в сезоне 1995-96 Манчестер Юнайтед снова оформил дубль.

В 1997 году команда снова выиграла чемпионат, а Эрик Кантона завершил карьеру в возрасте 30 лет. Начало следующего сезона также складывалось удачно для команды, но концовка не удалась, и Манчестер Юнайтед уступил чемпионство Арсеналу.

Хет-трик (1998-99)Сезон 1998-99 стал наиболее удачным для клуба — он выиграл чемпионат и кубок Англии, а также Лигу Чемпионов, став первым европейским клубом, которому покорялся подобный хет-трик в одном сезоне.

После хет-трика (1999-настоящее время)
Команда выиграла чемпионат в 2000 и 2001 годах, но на европейской арене выступала неудачно. Сезон 2002 был закончен на третьем месте, однако в следующем году команда вновь выиграла чемпионат Англии. В последующих сезонах команда выступала не так удачно. Следущее чемпионство команда выиграла в 2007 году.

Сделка Малькольма Глэйзера13 мая 2005 года бизнесмен Малькольм Глэйзер получил контрольный пакет акций в клубе стоимостью около1.47 миллиарда американских долларов. 16 мая он увеличил свою долю до 75 % процентов, необходимых для получения права снять акции клуба с торгов Лондонской Биржи. Клуб снова стал частным.

Болельщики
После того, как клуб выиграл чемпионат в 1956 году, он стал наиболее посещаемым в лиге, побив предыдущие достижения клуба Ньюкасл Юнайтед. После авиакатастрофы в Мюнхене в 1958 году у клуба значительно добавилось болельщиков.

На рубеже веков у клуба есть несколько групп активных болельщиков, среди них:

Independent Manchester United Supporters' Association
Manchester United Supporters Trust